微波炉是通过微波震荡物质分子使温度提高的，使得水分子高速运动相互撞击以产生热量，就是靠食物内部分子振动产生热量，分子运动越快，温度越高，从而加热食物。而烤箱的加热原理是用电加热电阻丝使其发热，产生的热量通过热传递方式对食物由外而内加热，所以其实微波炉跟烤箱的加热原理并不一样。

所以微波炉加热是由内而外的，而烤箱是由外而内的，微波加热如果不均匀，接受最大微波的点会先热起来，而烤箱则会先焦表皮(接触烤盘的地方).因此，由于微波炉和电烤箱在烧烤原理上的不同决定了它们烧烤效果的不同。

一般来说，微波炉只是一个快速翻热工具，其他的烹饪食物，色香味都不行。虽然加热速度较快，但在加热过程中食物本身的水分及营养成分丧失严重。即使具有烧烤功能的微波炉也很难做好烤箱出色的烘焙效果。烤箱的加热方式不会破坏食物原有的美味，更可保留食物中所含有的水份和营养成分，烹制的食物外酥内嫩，比较适合东方人的口味。微波炉的主要功能是快速翻热，但如果要烤肉之类的，则更加应该选用烤箱。

注意提示，由于加热原理不同，微波炉不能使用金属器皿，而烤箱可以选用更多不同的器皿。